重金属阳离子与分子或带有自由电子的阴离子能够发生络合、螯合作用。芽孢杆菌表面带有大量的阴离子活性基团，如-OH、-COOH能吸附重金属离子形成重金属配合物，降低迁移率。刘红娟等筛选到一株对Cd具有较高抗性和富集能力的蜡状芽孢杆菌，通过红外光谱分析发现，蜡状芽孢杆菌细胞壁上活性基团-OH、-NH-、-COOH、-PO43- 和-M-O（O-M-O）（M 为金属离子）与重金属Cd2+的络合密切相关。孙静等通过察地衣芽孢杆菌富集镉的特性及机理，发现地衣芽孢杆菌对Cd2+的吸附以表面吸附为主，细胞壁上的羧基、羰基、酰胺基含有大量孤对电子，能成为Cd2+的电子供体，发生络合作用，从而实现对Cd的富集。
目前，微生物吸附重金属的研究大多侧重于细胞的表面吸附机制，而细胞内谢活动对Cd吸附影响的研究较少。芽孢杆菌胞内Cd的积累有利于环境中Cd的去除，但过量Cd会抑制菌体活性，因此寻求耐Cd能力较高的菌株仍是研究人员不断努力的目标。有研究表明，几乎所有微生物细胞内的蛋白质、多肽等大分子对重金属都有很强的结合能力。利用圆二色光谱分析不同浓度Cd胁迫下菌体蛋白质分子二级结构的变化，结果发现高浓度Cd胁迫下地衣芽孢杆菌的蛋白质空间构象发生了变化。
人们常在池塘养殖鱼类中吃出一股土腥味，这种异味主要是由geosmin 和MIB两种化合物引起。鱼类的土腥味常在夏季蓝藻水华时出现，颤藻、鞘丝藻、微囊藻、鱼腥藻等属种是造成土腥味的常见种类。其中微囊藻还可以产生化合物和蒜味化合物，这些物质都是藻类的次级谢产物，它们通过鱼鳃和皮肤进入鱼体后大量富集，产生异味，严重影响养殖鱼类的销售。
