吸附在芽孢杆菌表面的Cd离子能够与可溶性或不可溶性的生物多聚物发生螯合作用，形成Cd（OH）2、Cd3（PO4）2、CdS、CdCO3等沉淀，使重金属固定。孙静等通过扫描电镜观察Cd胁迫下的地衣芽孢杆菌发现，地衣芽孢杆菌细胞壁存在大量含Cd2+的颗粒。刘红娟等发现，在Cd浓度为150mg/L的条件下，蜡状芽孢杆菌的细胞壁和菌体表面有大量Cd沉淀物存在，无Cd条件下则没有。芽孢杆菌在含高浓度Cd的液体培养基中培养时能在细胞表面形成沉淀或吸附Cd沉淀，从而富集重金属Cd。
微生物在一定条件下能分泌高分子聚合物（如蛋白质、多糖、核酸等），这些生物大分子即xj胞外聚合物（EPS），对重金属有很强的吸附能力。Fang 等认为xj结合态EPS官能团类型与枯草芽孢杆菌表面活性基团类型一致，EPS存在能明显提高菌体表面活性基团浓度。枯草芽孢杆菌EPS能通过络合、离子交换、沉淀等方式提高枯草芽孢杆菌对重金属离子的吸附作用，去除EPS后的枯草芽孢杆菌对Cd2+的吸附量下降51.4%。EPS的存在还能增强xj的粘附强度，促使xj快速吸附于土壤矿物颗粒上。Huang等研究表明，将xj接种到土壤中，土壤胶体表面积增加3.0%～8.8%，表面所带负电荷增加，促进对Cd的吸附。
其实水体本身所含的微生物有一个本底值，这些微生物是肉眼看不见的，而且90%多的也是无法人为培养的，能培养的好氧菌基本是106-108CFU/L，我们简单的乘以10倍表示水体总菌数，结果是107-109CFU/L。我们人为加入的芽孢杆菌仅为106CFU/L的水平，相对于水体微生物的本底值，其实水体本身好氧菌的耗氧量才是大头。
