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菌种退化也是企业在生产中经常遇到的难题，一方面是菌种供应方的问题，它希望企业长期购买它的菌种，因此在技术上进行了处理，另一方面是企业购买原种后进行了多次的转接传，但又没有提纯复壮的技术。解决的方法是提纯复壮和更换菌种。发酵设备不完善，也是微生物接种剂不合格的主要原因，微生物在无杂菌条件下发酵是接种剂生产的必备条件。
生物肥料能提高土壤肥力，这是它的主要作用，如各种固氮菌肥料，可以增加土壤中的氮素来源，解磷解钾菌肥料可以将土壤中难溶性的磷、钾溶解出来，增加土壤中磷(P)、钾(K)元素的来源。另外，生物肥料还能促进作物的生长，改善农产品的品质。各种生物肥施入土壤中，都能产生不同的生长，激作物的生长，如“5406”放线菌生物肥，不但有拮抗病原菌防病壮菌的作用，还能分泌细胞分裂素促进作物的生长。
抗病抑虫效应 主要表现在3个方面：有些微生物肥料的菌种接种作物后，由于在作物根部大量生长繁殖形成优势种群，除了自身的作用外，还能抑制或减少病原微生物的繁殖机会，有的本身就有拮抗病原微生物的作用。建立良好的市场管理秩序，政管理部门必须加大登记管理和打击假冒伪劣产品的力度，创造良好的社会环境。要加强对生物肥料的质量监督，保证其生产质量，提高市场监督员的专业知识水平，阻止伪劣假冒生物肥料流入市场。