每一个有机肥料生产厂都是根据当地资源情况来确定原料的，通常有机肥生产的主要原材料是畜禽粪便、城市污泥、草炭和作物秸秆等。原料的不同、生产工艺的差异使得有机肥料生产厂主要污染工序和污染物有所不同。
（1）以草炭为原料的有机肥生产厂。主要污染工序是草炭粉碎和筛选过程。污染物有草炭在粉碎和筛选过程产生的粉尘、粉碎机和筛选设备运行时产生的噪声和职工日常生活废水、垃圾。
（2）以粉碎的作物秸秆为原料的有机肥生产厂。主要污染工序是秸秆粉碎和堆肥过程。污染物有秸秆在粉碎过程产生的粉尘、堆肥过程产生氨气、粉碎机运行时产生的噪声和职工日常生活废水、垃圾。
（3）以城市污泥为原料的有机肥生产厂。主要污染工序是好氧堆肥和筛选过程。污染物有堆肥过程产生的臭气、化筛选和分级筛选过程产生的粉尘、筛选设备运行时产生的噪声和职工日常生活废水、垃圾。
（4）以畜禽粪便为原料的有机肥料生产。方法较多，有的工艺单一、有的工艺比较复杂，因此主要污染工序、污染物也不相同。具体情况如下：
1. 烘干法。该方法生产有机肥的主要污染工序是鸡粪在烘干筒中烘干过程。污染物是烘干过程产生的恶臭气体和职工日常生活废水、垃圾，而烘干用的热风炉是否对环境造成污染要根据具体情况分析。
2. 水解处理法。水解处理法的主要污染工序是有机肥清罐、干燥过程。污染物是清罐、干燥过程产生的恶臭气体和职工日常生活废水、垃圾，而蒸汽炉是否对环境造成污染要根据具体情况分析。
3. 条垛式堆腐法和棚式发酵法。这2种主要污染工序是堆放、发酵过程和辅料粉碎过程。污染物有堆放、发酵过程产生的臭气，辅料粉碎过程产生的粉尘和职工日常生活废水、垃圾。
4. 圆筒发酵法。缺点是发酵不充分，主要污染工序是二次发酵和辅料粉碎过程。污染物有二次发酵过程产生的臭气、辅料粉碎过程产生的粉尘和职工日常生活废水、垃圾。生产用的热风炉或蒸汽炉是否对环境造成污染要根据具体情况分析。
5. 塔式发酵法和禽畜粪便处理设备生产有机肥法。主要污染工序是物料堆放、发酵过程和辅料粉碎过程。污染物有发酵过程产生的臭气，辅料粉碎过程产生的粉尘和职工日常生活废水、垃圾。
有机肥生产过程产生污染物环节不单单在加工过程，不少生产厂家在备料阶段就有污染物产生，特别是那些需要从畜禽饲养场收集畜禽粪便的有机肥料生产厂，在原料收集、运输、暂存过程就会产生臭气，招来蚊蝇。出现这种情况原因有2个：一个是畜禽粪便中含有大量的有机质和较多的氮磷钾养分，在排出畜禽体外后会迅速发酵，产生硫化氢、氨、胺类、挥发性有机酸等恶臭物质，特别是其中氨的挥发在畜禽粪便排放当天就会产生，在畜禽粪便氨的挥发过程中，除马粪的氨挥发量极低且没有挥发高峰外，其余畜禽粪便的氨挥发高峰期一般在2d内即可达到，其中只有猪粪稍晚至4～6d到达。另一个是有机肥生产厂为保证原料的充足和生产的连续性，将收集的大量畜禽粪便存放在库房或暂存场没有及时处理引起的。
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