微生物肥相较普通肥料而言，更具有环境相适性，施入土壤里，活体有益微生物就在作物根的周围大量繁殖，形成一个旺盛的微生物活动区，这些活动微生物不仅改变了土壤性状也促进了作物的生长发育进程，发挥了“四两拨千斤”的作用。
提高土壤肥力，微生物肥中的一些根瘤菌、固氮菌，可以把空气中的氮气、难溶的磷钾进行转化，生成易于作物吸收的营养元素，使作物生长环境中营养元素供应增加。微生物肥料还能增加土壤中的有机质，促进土壤团粒结构的生成，提高土壤肥力。长期施用微生物肥，可使原来比较板结的土质变得更加松软、透气，而且保水、保肥性也能大大提高。
促进作物生长
施用微生物肥料后，微生物产生的如赤霉素、生长素和其他生理活性物质，促进了作物的生长发育，特别是根系发育，发达的根系提高了作物养分吸收能力，使作物的生长发育速度加快。尤其是一些光合xj制剂，喷洒在作物叶面后，作物枝叶茂盛，叶面积增大，使作物的光合作用显著增强，作物生长加速，开花早、结果多、产量高。
改善农产品品质
由于微生物的活动均衡了土壤中养分的供应，防止了作物对氮素肥料的过量吸收，使得蛋白质、糖分、维生素含量提高，硝酸盐含量下降，作物品质明显改善，口味好、保鲜时间延长。据实验测定，施用微生物肥可使产品中硝酸盐含量降低30％左右，维生素C含量提高40％左右，可溶性糖提高4度左右。可以有效地改善蔬菜和果品的外观，提高氨基酸含量、降低重金属等有害物质含量。
增强作物抗病能力
微生物肥中的有益微生物在作物根系周围大量生长繁殖，形成优势菌群，占据病原微生物的生存空间，阻挡了病原微生物对作物的侵害。其次，微生物所分泌的杀虫kj类物质，具有一定的杀虫kj作用。这些物质在根部能够增强了作物的抗病能力，使作物避免土传性病原菌的侵害，降低发病率。
改善生态环境
微生物肥有较好的肥效，能够增强作物的抗病能力，施用微生物肥能够减少30%的化肥用量，同时减少农药用量，从而减少环境污染，降低农药残留，起到促进农业可持续发展的作用。
